Hřbitovy teď na chvíli opustíme, protože nesmíme zapomenout na jiný způsob pohřbívání, který se ve středověku a v raném novověku velice rozšířil. Právě tento způsob po sobě zanechal zdaleka nejvíc sepulkrálních památek. Jsou to pohřby přímo v kostelech (apud ecclesiam).  

Tento jev je jedním z největších paradoxů, protikladů v křesťanství. Katolická církev pohřby v kostelech totiž nikdy oficiálně nepovolila a bránila se jim. Od 7. století býval na synodách opakovaně vyhlašován kanonický zákaz takového pohřbívání (Braga 563, Nantes 658, Mohuč 813, Tribur 895, Nantes 900), z něhož ale byli vyjmuti biskupové, opati, kněží a zbožní laikové - patroni a dobrodinci kostela. A víme to i z dneška, že každá udělená výjimka obvykle otevírá Pandořinu skříňku problémů. Zvlášť když správci farností později umožňovali pohřby v kostele za poplatek... Pak je celkem pochopitelné, že prakticky každý křesťan patřící k privilegovaným vrstvám toužil být pohřben co nejblíž místu, kde kněz při mši svaté - bohoslužbě oběti - slaví eucharistii. Pohřeb v kostele byl příležitostí k zdůraznění osobní i rodové prestiže, demonstrací majetkové a sociální úspěšnosti, a v neposlední řadě vymanění se z anonymity hřbitovního pohřbu.

Nejstarším prostředkem k pohřbu v kostele byl sarkofág (= masivní kamenná schránka s víkem pro uložení těla). Aby příliš v prostoru nepřekážel, vžilo se jeho umístění do výklenků nahoře obloukových (arcosolium)  (sarkofág Onofria Strozziho, +1425, Florencie) 
Nejběžnější však byly podpodlahové hroby, kryté kamen- nými deskami zapuštěnými do podlahy - tzv. náhrobníky. Po určité době tyto náhrobníky vyplnily prakticky celou podlahovou plochu chrámu. U nás v Čechách se událo mnoho dějinných zvratů, které náhrobníkové dlažby zlikvi- dovaly. Západní Evropa si tím neprošla a tak tady můžu ukázat třeba podlahu v katedrále v Haarlemu v Holandsku. (Dnes slouží protestantům)